Hierarchy For All Packages
Package Hierarchies:- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.adb,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.ext.fbc,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.adb,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.eco,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.ext.fbc,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.ext.groups,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.cobra,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.mapping,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.logging,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ext.fbc,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.mapping,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.util,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.util.ext.fbc,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.util.ext.groups,
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.validation
Class Hierarchy
- java.lang.Object
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.adb.AbstractADBAnnotator
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.adb.ADBReactionsAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.adb.ADBSBMLAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.adb.ADBSpeciesAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.AbstractAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.IReportDiffs, de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.IReportStatus)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.AbstractBiGGAnnotator
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGCompartmentsAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGCVTermAnnotator<T>
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.ext.fbc.BiGGGeneProductAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGReactionsAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGSpeciesAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.ext.fbc.BiGGFBCAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.ext.fbc.BiGGFBCSpeciesAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGModelAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGPublicationsAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGSBMLAnnotator (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.AbstractBiGGAnnotator
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.AbstractFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.IReportStatus)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.CompartmentFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.ext.fbc.FBCSpeciesFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.ext.groups.GroupsFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.ext.fbc.ListOfObjectivesFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.ModelFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.ReactionFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.SBMLFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.SpeciesFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.AbstractPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.IReportStatus)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.AnnotationPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishAnnotations)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.CompartmentPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ext.fbc.FBCPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ext.fbc.FBCReactionPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ext.fbc.GeneProductsPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ModelPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ext.fbc.ObjectivesPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ParametersPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ReactionsPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.SBMLPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.SpeciesPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.UnitPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.ADBAnnotationParameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.adb.AnnotateDB
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.adb.AnnotateDBContract
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.adb.AnnotateDBContract.Constants
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.adb.AnnotateDBContract.Constants.Column
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.adb.AnnotateDBContract.Constants.Table
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.AnnotationParameters
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- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.BiGGAnnotationParameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGDB
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGDB.ForeignReaction
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGDBContract
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGDBContract.Constants
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGDBContract.Constants.Column
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGDBContract.Constants.Table
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGDocumentNotesProcessor
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.ext.fbc.BiGGGeneProductReferencesAnnotator
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGId
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.BiGGNotesParameters
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- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.cobra.COBRAUtils
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.CombineArchive
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.mapping.Compartments
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.eco.DAG
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.DBParameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.DiffListener (implements org.sbml.jsbml.util.TreeNodeChangeListener)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.FixingParameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.FluxObjectivesFixingParameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.mapping.Gene
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.cobra.GeneParser
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ext.fbc.GeneProductAssociationsProcessor
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.util.ext.fbc.GPRParser
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.util.ext.groups.GroupsUtils
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.IdentifiersOrg (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.Registry)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.IdentifiersOrgRegistryParser
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.IdentifiersOrgURI (implements java.lang.Comparable<T>, de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.RegistryURI)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.IdentifiersOrgURIUtils
- java.io.InputStream (implements java.io.Closeable)
- java.io.FileInputStream
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.DeleteOnCloseFileInputStream
- java.io.FileInputStream
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.mapping.Institution
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.JSONConverter
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.JSONParser
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.mapping.Location
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.cobra.MatlabParser
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.mapping.Metabolite
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.mapping.Metabolites
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.ModelReader (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IReadModelsFromFile)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.validation.ModelValidator
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.ModelWriter (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IWriteModels, de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IWriteModelsToFile)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.NamePolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBaseAttributes)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.mapping.Namespace
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.eco.Node
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.Parameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.ParametersParser
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.PolisherFactory
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.PolisherProgressBar (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.ProgressObserver)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.PolishingParameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.PostgresConnectionPool
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.mapping.RawIdentifiersOrgRegistry
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.mapping.Reaction
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.cobra.ReactionParser
- java.lang.Record
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.ProgressFinalization
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.ProgressInitialization
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.ProgressUpdate
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.Publication
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.identifiersorg.mapping.Resource
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.json.mapping.Root
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.SBMLFileUtils
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.SBOParameters
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.cobra.SpeciesParser
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.SpeciesReferenceFixer (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSpeciesReferences)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.SpeciesReferencesPolisher (implements de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSpeciesReferences)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.ext.fbc.StrictnessPredicate (implements java.util.function.Predicate<T>)
- java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
- java.lang.Exception
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.AnnotationException
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.bigg.BiGGAnnotationException
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.validation.ModelValidatorException
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.ModelWriterException
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.AnnotationException
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.ModelReaderException
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.ParametersException
- java.lang.Exception
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.UpdateListener (implements org.sbml.jsbml.util.TreeNodeChangeListener)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.adb.AbstractADBAnnotator
Interface Hierarchy
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IAnnotateSBases<SBMLElement>
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSBases<SBMLElement>
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.IFixSpeciesReferences
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishAnnotations
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBaseAttributes
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSBases<SBMLElement>
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.IPolishSpeciesReferences
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.IProcessNotes
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IReadModelsFromFile
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.IReportDiffs
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.IReportStatus
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IWriteModels
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IWriteModelsToFile
- de.zbit.util.prefs.KeyProvider
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.adb.AnnotateDBOptions
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.annotation.AnnotationOptions
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.db.bigg.BiGGDBOptions
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.fixing.FixingOptions
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.parameters.GeneralOptions
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IOOptions
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.polishing.PolishingOptions
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.ProgressObserver
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.Registry
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.resolver.RegistryURI
Enum Class Hierarchy
- java.lang.Object
- java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.lang.constant.Constable, java.io.Serializable)
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.IOOptions.OutputType
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.parsers.cobra.ModelField
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.util.ReactionNamePatterns
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.reporting.ReportType
- de.uni_halle.informatik.biodata.mp.io.SBMLFileUtils.FileType
- java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.lang.constant.Constable, java.io.Serializable)